吉野ヶ里遺跡の中でも、江戸時代に創建された日吉神社があった場所は発掘調査を行っていなかったため、「謎のエリア」と呼ばれていました。2022年、神社が移転され、佐賀県は「謎のエリア」の発掘調査を開始しました。

2023年4月、丘陵の頂部で石棺墓を発見しました。この石棺墓は、石蓋などに線刻が施されるなど、これまで吉野ヶ里遺跡で見つかった石棺墓とは異なる特徴を持ち、弥生時代後期の有力者の墓であると考えられます。2025年度の調査では、この石棺墓が四方を溝で囲んだ「方形周溝墓」であることがわかりました。また、石棺墓の周辺にも同様の方形周溝墓が連続して造られている可能性が出てきました。
「謎のエリア」からは、弥生時代前期の環壕跡も見つかっているほか、弥生時代中期の銅剣や銅矛の鋳型、坩堝（または取瓶）といった青銅器鋳造関連遺物が出土しています。
これまで主に吉野ヶ里遺跡の南部で見つかっていた「弥生時代前期の環壕」、「青銅器生産」、「方形周溝墓群」が、この「謎のエリア」のある中央部でも見つかったことは、吉野ヶ里遺跡の変遷を考え直す重要な成果です。
さらに、古代の役所の存在を示す権けん（はかりのおもり）や、日吉神社の造営時期を裏付ける鍋島焼が出土するなど、弥生時代以降もこの地が引き続き重要な場所として利用されたことが明らかとなっています。